Herramientas para el alineamiento de secuencia múltiple

Alineación de secuencias múltiples (MSA ) es un procedimiento de cálculo , bioinformático en la que al menos tres proteínas, ADN (ácido desoxirribonucleico) o ARN (ácido ribonucleico) secuencias se alinean entre sí. Esto produce un patrón visual donde las secuencias que están presentes en un conjunto de secuencias quedar emparejados dentro de un solo bloque de color. Por lo general, las secuencias proceden de diferentes organismos o especies , permitiendo así que el bioinformático para determinar si y qué tipo de relación existe entre las secuencias , si hay mutaciones o si hay estructuras características . ClustalW2

ClustalW2 es un programa MSA diseñado estrictamente para el análisis de proteínas o ADN , no de ARN . Está organizado por el Instituto Europeo de Bioinformática ( EBI ) y se proporciona ya sea como una forma de página web o descargar como un paquete de software . Es uno de los softwares más utilizados MSA , con muchos más nuevos escritos basado en ClustalW , la versión original. ClustalW2 permite a los científicos para introducir hasta 500 ó 10 MB de secuencias en formatos tales como FASTA , RSF , EMBL , Swiss- Prot (o UniProtKB , EMBL ) y GDE . Una gama de opciones de análisis está disponible; por ejemplo, el usuario tiene la opción de ejecutar " completo " o alineaciones "rápidos" , generar o resultados " correo electrónico" " interactivos" , y producir sólo MSA o también árboles filogenéticos ( un diagrama que representa las relaciones evolutivas ) .

Instituto Europeo de Bioinformática

Wellcome Trust Genome Campus

Hinxton

Cambridge

CB10 1SD

Reino Unido

011-44-1223-494-444

ebi.ac.uk
T-Café

también un software MSA altamente populares organizada por EBI , T -Coffee permite al usuario utilizar secuencias obtenidas a partir de una variedad de fuentes (por ejemplo , explosión , Fast ) , o alineaciones de diferentes programas (como ClustalW2 , Dialign ) .T - Café combina todo lo que se ofrece y genera una nueva MSA con la coincidencia más cercana y más precisa entre los distintos formatos . El usuario puede elegir entre el uso de herramientas estadísticas conocidas como matrices de puntuación (como PAM o BLOSSUM ) para analizar los resultados de la MSA , que son un método estadístico para determinar la presencia de una alineación entre las secuencias , y determinar si este alineamiento es significativa o simplemente un artefacto.

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SAM

SAM es un alineador de múltiples secuencia para proteínas que permite a cualquier tipo de estructura de la proteína (por ejemplo, hebra beta , hélice alfa , bobina) que se determina a partir de una alineación de conjuntos de secuencias de proteínas. Estas secuencias pueden usarse entonces para ver si las proteínas están relacionados ( es decir, son homólogos) , si los homólogos han sido validados estructuralmente y que los organismos que pueden haber venido. SAM utiliza el modelo de Markov ocultas , un modelo estadístico complejo ampliamente utilizada en biología , como la base de su algoritmo .

Ingeniería Biomolecular

Universidad de California , Santa Cruz