Protocolos - chip Sec

El Proyecto del Genoma Humano completaron su secuenciación del genoma humano a finales de 2003 , que proporciona una hoja de ruta para el futuro de la investigación genética . Una de las técnicas que se han desarrollado para tomar ventaja de este logro es chip- Seq, una combinación de inmunoprecipitación de la cromatina con diferentes técnicas de secuenciación bioinformáticas . ChIP -Seq ayuda a determinar qué partes de un genoma proteínas específicas interactúan . La cromatina inmunoprecipitación

chip , una abreviatura para la inmunoprecipitación de la cromatina , determina si es o no una proteína interactúa con sitios específicos en una cadena de ADN . El proceso consta de tres pasos básicos . En primer lugar, las proteínas se les permite unirse al ADN dentro de células vivas. Este paso , a veces llamado reticulación , tiene lugar en formaldehído. En segundo lugar, las hebras de ADN se cortan alrededor de la proteína de unión de manera que este segmento de ADN pueden ser analizados por separado. En tercer lugar, las piezas de ADN que la proteína está obligado a tener que ser separada del resto del ADN . Para lograr esto , los anticuerpos que se unen a la proteína en estudio se introducen . Este paso se llama precipitación.
Secuenciación

Después de que los segmentos de ADN que se une a la proteína han sido separados del resto del ADN , los sitios deben ser analizada para determinar donde estaban en la hebra de ADN original . Esto se realiza mediante la comparación de las hebras para el mapa del genoma humano que se terminó en 2003 , o un mapa del genoma similar si se están estudiando las células no humanas .
Bioinformática

chip- Sec se aprovecha de técnicas bioinformáticas para aumentar la velocidad y reducir el costo de la investigación . Técnicas bioinformáticas son necesarias debido a dos complicaciones principales que surgen durante el proceso de chip . A veces surgen problemas tales como la contaminación durante el proceso de chip , que puede conducir a errores al secuenciar las cadenas de ADN que han sobrado . Analizadores de secuencia del genoma son capaces de limpiar el conjunto de datos de puntos de datos de baja calidad . Otra complicación es que las proteínas se pueden unir a numerosos sitios a lo largo de una cadena de ADN , pero podrían no unirse a cada sitio con igual probabilidad. Un analizador genoma coincidirá con las líneas de actuación a cada sitio a lo largo del genoma de referencia y proporcionar distribuciones de los sitios que la proteína es más probable que se unen a . Estos programas también son capaces de hacer comparaciones entre los diferentes genes que la proteína se une a .